论者还注意到商会与政府间利益合作的关系。张志东更提出“超法的利益合作关系”以修正虞和平的观点。陈忠平认为应将商会当成一种“具有自身社会经济利益与政治策略、并为此与不同政权进行合作或抗争的地方商人精英组织”。由于利益的关系，所以有时政府对商会采取的手段便倾向“怀柔”，甚至有意推崇商会的地位。

■与行会的关系：行会的结合体还是行会的替代品

商会与会馆、公所(或所谓“行会”)的关系也是一个争论较多的问题。最初，一些论者认为新兴的商会属于开放性、发展性的工商组织，而以会馆、公所为主的“行会”则属于封闭性、停滞性的社会组织，对经济发展有阻碍。但是各地的商会史料却反映出这两种商人团体并不是水火不相容，反而前者以后者为基础，多数地方商会还通过维护会馆、公所的制度来达到其管理与动员商人的目标。于是，一些学者努力做进一步的探究。

徐鼎新、虞和平、王日根等人均认为商会之所以能容纳“行会”，是因为“行会”具有一些“近代化”或者“进步”的特点，因而才能和“现代的”或者旨在“发展资本主义”的商会兼容。但当“行会”加入商会时，却给商会带来了“传统性”。因此，虞和平反对“一方的兴起必然以另一方的衰落为前提”的看法，范金民亦认为二者之间“是发展与进一步发展的关系”。

以上论述的目的在于解释为什么现代性的商会会“收容”传统的“行会”。那么，如果假设传统的“行会”未加入，商会自身是否亦具有一些“传统性”或“落后性”呢？ 黄福才、李永乐认为清末中国的商会虽然是新生事物，但仍具有不同程度的“封建性和买办性”，因而它与“行会”有共存的基础。王翔则认为商会“本质上只是诸种行会的结合体而已”。如此说成立，那么商会与会馆公所自然没有什么根本的区别了。

范金民提出：商会没有替代会馆公所的作用，而且必须通过会馆公所才能充分发挥作用。邱澎生亦发现商会与会馆公所间经常形成一种“分工网络”。他们似乎都强调了二者相互依赖、相互渗透的关系。