美联社称，这一事件令美国重建已经千疮百孔的美巴联盟的努力遭受重大打击。美巴联盟对逐渐结束持续十年的阿富汗战争至关重要，如果巴基斯坦长期关闭北约供给线需要经过的巴阿边境的两个关口，就会给联军造成严重问题。

巴美关系僵局自“本?拉登事件”以来，一直在低谷徘徊。日前因美国大力施压巴方开刀“哈卡尼网络”，双边关系处于新一轮紧张边缘，两国军事机构之间的角力令这场没有硝烟的战争在其他方面显现，例如新近爆出的涉嫌挑拨巴政府和军方关系的“备忘录门”，有分析家便将矛头指向美国情报部门。

在阿富汗问题上，巴美的分歧也呈公开化态势。巴基斯坦对于美国迎捧印度在阿富汗问题上发挥积极作用的立场持坚决反对态度，并带头在阿富汗问题伊斯坦布尔会议上对美方的主张提出质疑。在反恐合作上，边境检查站遇袭事件一出，巴立即宣布关闭巴境内通往阿富汗的北约后勤补给线，摆出“不合作”姿态。再加上此前传出的巴与塔利班组织尝试和谈的报道，都似乎释放着巴美渐行渐远的信号。如今再次遭到以美国为首的北约部队“不分青红皂白”的打击并遭受“9?11”反恐合作以来最惨重的“误伤”，巴美的矛盾正在激化，至少在民间，已经掀起声势浩大的反对浪潮。

在巴步入“大选年”的关键时期，屈从于选举政治的巴高层理论上不得不向民意低头，无论是为了彰显国家主权，还是单纯给选民一个交待，巴政府未来在对美关系上将会有明显的针对性举动，巴美关系的裂痕将继续加深，两国反恐合作前途黯淡。

然而，巴美关系并不会全面破裂。空袭事件发生后，美方和北约的态度明显软化，不希望扩大事态；而巴基斯坦也没有将和解的大门封死，虽然巴已下令封锁对驻阿美军和北约盟军的后勤补给供应，但能否全面实施和永久实施是个问题，也可能是暂时关闭通道，为与美方进一步讨价还价做准备。

事实上，无论是美国还是巴基斯坦，都无法承受彻底翻脸的代价。德国《柏林日报》认为，巴美如果真闹翻，其结果就是双方的失败，北约十年的反恐战争可能前功尽弃。